OsiriX et Horos pour les nuls

[EDIT du 23 avril 2020 : je bloque les commentaires sur ce billet, et je n’assurerai pas de SAV par mail. Cherchez sur les forums, ou contactez les développeurs.]

 Je profite d’avoir préparé un Keynote pour l’association de RCP libérales dont je fais partie pour vous faire un petit billet sur l’utilisation de ces deux logiciels proches parents. Ce sont des logiciels de visualisation d’images médicales, des DICOM viewers (DICOM, c’est le format d’images de l’imagerie médicale), pour Mac.

Clairement, comme la présentation, ce billet ne s’adresse pas aux imageurs, mais plus aux autres, pour pouvoir être autononomes, revoir des images au calme, et aussi insérer des images dans des présentations sans trop s’arracher les cheveux, ni se faire baver sur les rouleaux pour des histoires idiotes d’image pas montrées avec la bonne fenêtre.

Pour commencer, un peu d’histoire. Pour résumer sauvagement, OsiriX est un projet intialement Open Source (comme Firefox, VLC, LibreOffice etc…), développé par une équipe suisse. Un super logiciel, vraiment, robuste, capable depuis au moins 15 ans de vous permettre de voir les images issues de n’importe quel constructeur (ce qui est moins évident qu’il n’y paraît), avec à peu près toutes les fonctionnalités nécessaires. Dans un second temps, les gens qui portent ce projet ont changé leur fusil d’épaule, et ont proposé des versions payantes (Osirix 64 et Osirix MD).

Là, ça n’a pas loupé, fork. Le fork, dans l’open source, c’est un peu comme la scission dans les internationales socialistes : une sorte de péché mignon. LimeWire/FrostWire, OpenOffice/LibreOffice, know what I mean ? Il y a désaccord, on crée un projet distinct. On part d’une dernière version commune, et chacun évolue de son côté. Ici, le fork, c’est Horos.

Bref, à l’heure actuelle, vous avez à votre disposition :

• Osirix Lite, que vous pouvez télécharger ici. Le logiciel est gratuit. Il couvrira à peu près tous les besoins courants, mais il sera impossible d’ouvrir de TRÈS gros examens. Par exemple, pour ce qui me concerne, une TEP-TDM corps entier, wallou, tu peux te brosser Martine. Et déplaisant petit détail, vous constaterez une incrustation « Not for medical usage » sur toutes vos images.
• Osirix MD, approuvé par la FDA, porteur du marquage CE, ce qui fait qu’un imageur peut officiellement interpréter ses examens sur ce logiciel. L’architecture est différente (64 bits versus 32 bits), vous pouvez ouvrir n’importe quel examen, même bien copieux, et le « Not for medical usage » n’est pas incrusté. Il coûte à ce jour, 779 euros, ici (je précise que c’est déductible, c’était un #InstantOuiJeSuisImageurLibéral), et ce prix inclut un support technique. Juste pour info, une console professionnelle (machine + logiciel) coûte plusieurs dizaines de fois cette somme.
• Horos, que vous pouvez télécharger ici. Open source, gratuit, architecture 64 bits, pas de »Not for medical usage ».

Quel choix faire ? Il n’y a pas à mon sens de réponse toute faite. Les idéaux de l’Open Source sont plus que respectables, magnifiques, même. J’utilise plein de logiciels Open Source, sans participer beaucoup parce que je ne suis pas compétent en code et que je ne sais pas quoi faire d’utile OH MON DIEU JE ME RENDS COMPTE QUE L’OPEN SOURCE EST SURTOUT LA SOURCE D’UN INTENSE SENTIMENT DE CULPABILITÉ POUR MOI. Après, les développeurs d’OsiriX ont fourni un boulot énorme, certes peut-être avec l’aide d’une communauté, mais je peux concevoir qu’ils aient décidé d’essayer d’en retirer les fruits. A vous de vous faire votre opinion.

Je pense malgré tout que la dépense que représente le prix d’OsiriX MD ne sera rationelle que pour fort peu d’entre vous.

1 – Installer le logiciel

Vous suivez un des liens ci-dessus ; il vous sera demandé de communiquer vos coordonnées, pour obtenir un lien de téléchargement. Vous pouvez y aller, ils ne sont pas chiants avec les mails. Très classiquement, une fois le téléchargement terminé, vous trouverez un .dmg dans votre dossier « Téléchargements », un double clic, et c’est du tout aussi classique : vous trouvez le logiciel dans le dossier Applications, et un nouveau dossier dans le dossier « Documents », où toutes les données seront stockées.

2 – Paramétrage de base

Quelques petits trucs tout bêtes pour vous simplifier la vie, une bonne fois pour toutes.

Hop, vous avez démarré la bête, un petit clic dans le menu « Osirix » (Ou Horos) / Préférences,

Et vous obtenez la fenêtre suivante :

Globalement, à mon avis, vous n’avez pas besoin de voir beaucoup de points.

Vous avez vu la roue dentée en dessous et à gauche du point vert ? Elle vous ramènera à cette fenêtre.

2.1 – Base de données

Vérifiez que cette petite case n’est pas cochée. Pour ne pas perdre des images que vous avez récupérées de haute lutte. Si, ça arrive. Et c’est chiant.

C’est fait ? Roue dentée.

2.2 – CD/DVD

Vos isotopistes et radiologues favoris vont en général accompagner leurs examens de CD.

Sur la gauche, en cochant « Copier tout le contenu de la base de données », si Osirix ou Horos est démarré et que vous insérez un CD contenant des images, elles sont automatiquement copiées dans la base de données. Si vous choisissez « Demander à l’utilisateur », vous aurez le choix de copier ou non. Je ne vois pas l’intérêt, mais c’est possible.

A droite, #ProTipDeGrosBoulet, cochez cette case, en haut, à droite, pour ne JAMAIS oublier le CD dans votre lecteur. Mais si, le CD perdu, que vous cherchez pendant des semaines, et que vous retrouvez quand vous voulez vous faire un petit Age Of Mythology vite fait pendant la sieste de vos gosses ?

C’est fait ? Roue dentée.

2.3 – Visionneuses

Pour commencer, vérifiez que les 4 cases du haut sont cochées.

Ensuite, plus bas, dans « Divers », cochez, ou non, la case « Inverser le sens de déroulement de la souris », selon que vous vouliez du défilement type souris classique, ou type smartphone. Je sais, formulé comme ça, c’est pas très clair, mais faites vos petits essais, vous verrez que vous aurez vite une opinion tranchée.

Décochez « Zoom avec la molette de défilement horizontal ». Si vous avez une souris comme celle-là ou un trackpad, c’est insupportable.

C’est fait ? Roue dentée.

2.4 – TEP

Vérifiez que cette case est bien cochée.

C’est fait ? Fermez la fenêtre.

Voilà, on en a fini avec les préliminaires, on va pouvoir plonger dans le vif du sujet. Qui de Souristine, Elliot SacchaReid ou Selmer Pépère sera le premier pour nous caler un #CDLJM, les paris sont ouverts.

3 – Visionner des images

3.1 – Les bases (de données, #LOL #Humour #Boutade)

Vous obtenez la fenêtre « Base de données ». Décochez cette petite case en bas à droite, c’est chiant, ça attire l’œil.

Vous pouvez décider des renseignements qui apparaîtront dans la base de données ; c’est vous qui voyez. Le numéro de dossier dans la base de votre imageur chéri et le nombre total d’images de l’examen sont-elles des informations indispensable, à vous de voir.

Pour voir les images, ouvrez le dossier de votre patient•e, sélectionnez la série que vous voulez voir, et ouvrez-la soit en cliquant sur « Visionneuse 2D », soit par un double clic.

Si vous voulez voir plusieurs séries simultanément, au hasard, pour une TEP-TDM, mais aussi pour voir plusieurs séquences d’IRM, par exemple, vous cliquez sur les différentes séries en maintenant la touche « cmd ⌘ », et vous cliquez sur « Visionneuse 2D ».

Votre séries d’images est lancée.

Vous pouvez ensuite faire défiler les images grâce à la souris, ou avec les flèches droite et gauche du clavier (haut et bas, c’est le zoom).

Pour les regarder correctement, vous allez peut-être devoir la centrer et la zoomer : pour le faire à la souris, utilisez les outils en haut de la fenêtre, la croix pour dépacer, la loupe pour zoomer.

Ensuite, quitte à faire, autant utiliser les bons réglages pour explorer le tissu ou la zone que vous voulez analyser. La plupart du temps le réglage est automatique, c’est la fenêtre par défaut issue de la machine, mais vous pouvez modifier avec ce menu déroulant. Souvenez-vous que « NF & LF par défaut » vous permettra toujours d’annuler vos âneries.

Après, si vous êtes un vrai, un dur, un tatoué, vous pouvez utiliser le réglage manuel :

C’est bon, vous avez fini de faire les malins ? « NF & LF par défaut », souvenez-vous.

3.2 – Les petits trucs pour se la péter à bon compte

3.2.1 – Le MIP pour les nodules pulmonaires

Si vous cochez cette petite case :

Avant de cocher

Vous obtenez des sortes de « coupes épaisses », qui permettent d’identifier plus facilement bronches et vaisseaux, et facilitent la recherche de nodules :

Après

3.2.2 – Changer de plan de coupe

Il est possible d’obtenir les autres plans de coupe :

3.2.3 – Comparer des séries d’images

Si elles proviennent d’un même examen (par exemple scanner sans puis avec injection, deux séquences d’une même IRM, TEP et scanner d’un TEP-TDM…), c’est pas compliqué, c’est automatique. Ouvrez les deux séries simultanément, faites en défiler une, l’autre bouge. Si, si.

Si elles proviennent de deux examens différents, c’est un peu plus chiant. Dans la fenêtre « Base de données), ouvrez les deux examens. Sélectionnez les séries qui vous intéressent, en maintenant la touche  Pomme qui n’a pas de pomme ou « cmd ⌘ ». Quand vous faites défiler une des séries, la seconde, ça lui en touche une, mais sans faire bouger l’autre.

Donc on rentre dans le recalage avec les doigts. Vous faites défiler chaque série jusqu’à un repère anatomique facile (suggestion : les premières ou les 12e costo-vertébrales, l’ischion, mais aussi un gros ostéophyte, une belle bifurcation bronchique, une bonne grosse calcification artérielle…), et là vous faites menu « Visu 2D » / « Synchroniser les séries (études différentes) sur la position actuelle ».

Et c’est bon, toutes les images défilent automatiquement. C’est du recalage avec les doigts, si vous avez bien recalé en haut, le bon recalage en bas n’est pas garanti. Souvenez-vous de ce que je vous disais dans un précédent billet sur l’imagerie hybride.

3.2.4 – Fusionner et défusionner

Quand vous lancez un TEP-TDM, les deux modalités sont automatiquement fusionnées. C’est réversible,

• Soit par le raccourci clavier (une combinaison de touches) : ⌘ – ⇧ – F
• Soit via le menu »Visu 2D » / « Fusionner/Dé-fusionner TEP/SPECT-CT »

3.2.5 – Mais ma parole, vous voulez VRAIMENT les achever : la loupe

 Lorsque vous appuyez sur la touche majuscule (⇧) :

• Vous obtenez une loupe ;
• L’éventuelle fusion est levée.

Et vous pouvez toujours défiler les coupes.

 

4 – Exporter des images

De belles images pour vos présentations. En vous épargnant ces scènes toujours pénibles où on voit un•e imageur/imageuse courir après un•e clinicien•ne une hache à la main en hurlant « NON, TU NE METTRAS PAS TA VIEILLE CLÉ USB VÉROLÉE JUSQU’AU TROGNON SORTIE DE TA POCHE DANS MA CONSOLE QUI VAUT LE PIB DE LA JAMAÏQUE »

4.1 – Quelques points importants en préambule

Par pitié, anonymisez. Un nom de patient dans une présentation, ça fait désordre. On ne va pas vous louper. Et puis surtout, une clé USB, un ordinateur portable, ça se  perd, ça se vole.

C’est très simple : vous cliquez sur la ligne où il y a le nom du ou de la patient•e, clic droit, et :

Vous obtiendrez une boîte de dialogue où vous pourrez insérer un bref descriptif.

Demander, ne serait-ce qu’oralement, son autorisation à la personne dont vous envisagez de conserver les images me semble relever d’une certaine correction. N’y voyez pas un effet Brute en blanc, je le faisais avant de faire la connaissance de la #AirMédecineLeague.

Et n’oubliez pas de faire le ménage régulièrement dans votre base de données.

4.2 – Les méthodes bourrines

4.2.1 – La capture d’écran

Si vous faites ⌘ – ⇧ – 3, MacOS fait une capture de la totalité de votre écran, horodatée, que vous trouverez en principe sur le Bureau de votre Mac. Le format de cette image peut être .jpg, .tif, .png, votre logiciel de présentation s’en tape un peu, et, du coup, vous aussi. Le rognage est une fonction basique présente sur tous les logiciels de présentation.

Si vous faites ⌘ – ⇧ – 4, vous pouvez sélectionner à la souris la zone de l’écran à capturer :

Désolé, j’ai coupé la vidéo, vous ne verrez pas mon bureau, je ne vais pas vous montrer  mon nom et celui de ma société.

4.2.2 – Le Copier-Coller

Un clic dans l’image qui vous intéresse, ⌘ – C (ou Menu « Edition » / « Copier »), vous passez dans le logiciel de présentation, ⌘ – V (ou Menu « Edition » / « Coller »).

(Vous connaissez le raccourci ⌘ – ⇥ ?)

4.3 – La méthode élégante

Vous cliquez dans l’image que vous voulez exporter, Menu « Fichier » / « Exporter ». Vous pouvez choisir JPEG ou TIFF.

Vous obtenez la boîte de dialogue suivante :

Faites gaffe à bien cocher « Image courante seule », sinon vous vous retrouvez avec des centaines d’images à générer, puis, un LOOOOOOOONG moment après, quand vous récupèrerez la main sur votre Mac, à jeter. Si vous voulez exporter tout l’affichage des séries que vous avez laborieusement recalées, cochez « Inclure toutes les visionneuses 2D affichées ».

Après avoir cliqué sur « OK », vous pouvez choisir où enregistrer votre image.

5 – Créer et exporter des vidéos

5.1 – Une petite vidéo de quelques coupes

C’est le vaccin souverain contre une des grandes plaies des présentations avec des images, je pense bien évidemment à l’inévitable gros•se relou•e qui te sort « On n’interprète pas sur une image ». No shit, Sherlock !?

Pour choisir les coupes qui vous intéressent, modifiez le mode d’annotation au moins en « Basique », pour pouvoir lire en bas à gauche les numéros de coupes :

Une fois que vous avez fait votre choix, notez ces numéros de coupes, puis Menu « Fichier » / « Exporter » / « Séquence vidéo »:

Puis reportez ces numéros de coupes dans la fenêtre que vous obtenez :

Et il ne vous reste plus qu’à choisir où vous voulez enregistrer le fichier vidéo.

5.2 – Faire des MIP de TEP

Mais si, les MIP. Le truc qui tourne, là. En général, c’est bien efficace comme mode de présentation des images. Lancez une série de TEP seule, le scanner est ici inutile. Ensuite, Menu « Visu 3D » / « MIP 3D »

Vous obtenez cette fenêtre, où vous choisirez rotation horizontale, sur 360° (sinon c’est franchement ridicule) :

SI. Meilleur rendu. Vous montrez des images faites avec de l’antimatière, vous n’êtes pas à 10 Mo près.

Réduisez la taille de la fenêtre à ce genre de dimensions :

Puis, comme en 5.1, Menu « Fichier » / « Exporter » / « Séquence vidéo ».

Vous avez votre vidéo :

Et n’oubliez pas que lorsque les vidéos sont refusées, ou mal acceptées, on peut les convertir en un format d’images (et non de vidéos) judicieusement choisi. Le .gif, par exemple. Avec un outil comme GIF Brewery.

Et puis après, vous pourrez, en plus, rectifier de grandes erreurs du monde moderne, comme le fait que ce GIF n’existait pas :